Al monestir de Sant Daniel cal parlar de claustres, en plural, atès que hi coexisteixen, sobreposats, un de romànic i, damunt seu, un altre de gòtic, comunicats per una escala exterior, des del pati. Al centre del claustre s'hi troba un pou que abastia a la comunitat.
El claustre inferior, el romànic, va ser construït a finals del segle XII - principis del XIII. Té una planta rectangular molt allargada, atès que es va haver d'adaptar a les diferents estances monacals preexistents, del segle XI. Està situat en l'angle que formen la nau i el braç sud del transsepte. Les quatre galeries estan cobertes amb volta de canó, de diferent perfil, pel motiu exposat d'adaptació a construccions anteriors.
Els porxos es recolzen en arcs de mig punt acabats en parelles de columnes, que tenen els capitells esculpits, austers, gairebé tots decorats amb motius vegetals i geomètrics, llevat d'uns pocs que presenten algun element antropomòrfic, caps i busts d'home, tots amb una figuració molt arcaica.
En base a la seva figuració s'hi ha identificat quatre varietats de capitells, distribuïts de manera aleatòria per les vuitanta quatre columnes que formen el claustre. Hi ha qui atribueix aquesta senzillesa en la decoració a la influència de l'ordre cistercenca.
En les parets del claustre es conserven alguns sepulcres, recolzats damunt treballs escultòrics, i també làpides sepulcrals, algunes empotrades als murs, i altres al sòl, així com elements escultòrics d'estructures que han desaparegut, com per exemple alguna clau de volta de difícil ubicació.
Del claustre gòtic, d'un estil netament mediterrani, bastit en un nou pis entre els anys 1427 i 1430 pel fuster i mestre d'obres gironí Pere Ciprés (1), només s'en van construir dues ales: les dels costats nord i est. Les obertures al pati interior ho fan mitjançat grups de tres finestres apuntades, separats per pilars rectangulars, quadrilobulades de pedra de Girona, damunt els quals es recolzen els arcs. Els capitells estan decorats amb motius vegetals i geomètrics molt senzills.
